陰陽師操縱靈魂，溝通陰陽兩界，而武士們追求技藝與極意的極限。大妖怪在此時(shí)縱橫。世間諸國林立。

　　有一天不知從何處到來的外來者進(jìn)入了這一世界，當(dāng)世的大妖怪們站出來想要將入侵者消滅于天外。然而即便打到月亮破碎，也沒能成功阻止入侵者。而戰(zhàn)爭的最后，在妖怪們紛紛落敗之后，冥土之神也參與進(jìn)來。

　　然而外來者的到來終究打破了一切，舊有的力量遭到壓迫與消滅，冥土的神明也遭到重創(chuàng)，此界的靈魂不在受到約束。

　　然而以陰陽師為首的人間勢力并不甘于臣服，殘存的妖怪們也不甘心就此消亡。于是戰(zhàn)爭不斷在世間展開，比原本更加混亂的戰(zhàn)亂爆發(fā)了。輝夜姬不斷鎮(zhèn)壓著一切，最終也漸漸厭倦了這一切，她的到來不是為了無休止的戰(zhàn)爭。

　　在此間，外來者卯月之女神也就是輝夜姬誕下了兩個(gè)孩子，一之名羽衣，一之名羽村。他希望兩個(gè)孩子的到來可以撫慰他孤獨(dú)于此世不得回到家鄉(xiāng)的苦痛。

　　然而兩個(gè)孩子逐漸長大，開始有了自己的想法。他們感到此間活在戰(zhàn)亂中的人們實(shí)在太過于苦難。他們欲與此間的力量達(dá)成和解，祈求和平。

　　然而終究有太多的人死于戰(zhàn)亂，有太多的人放不下對輝夜姬的仇恨，世間最難以改變的莫過于人的意志。

　　得知自己孩子厭惡戰(zhàn)爭渴求和平的輝夜姬，為了滿足孩子的愿望，也為了自己厭倦的無休止的戰(zhàn)爭。啟動了月之眼計(jì)劃，準(zhǔn)備開啟無限月讀，讓世間再無戰(zhàn)亂，每個(gè)人都活在美好的夢中。

　　和平或許會到來，但這不是羽衣與羽村想要的和平。于是在于世間勢力的代表商定后，他們聯(lián)手封印了輝夜姬，而普世間也接受他們這與眾不同的存在。

　　羽衣創(chuàng)立了忍宗，而羽村到了月球上看守輝夜姬。

　　忍宗的創(chuàng)立，查克拉的盛行給了普通人取代世間超凡者地位的機(jī)會。

　　后來者學(xué)會了查克拉的修行，但并不滿足，他們開始掠奪知識，而知識帶給使用查克拉的忍者們更強(qiáng)的力量。于是在羽衣去世后，隨著他兩個(gè)兒子因陀羅與阿修羅的對立，忍宗分崩離析。

　　幸存者們通過自己從舊有勢力那里獲取到的知識，開發(fā)出了獨(dú)特的術(shù)式，開創(chuàng)了自己的家族傳承。

　　于是忍界家族混戰(zhàn)時(shí)代開始，其間也充斥著舊有勢力的不斷掙扎求存。

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　　羽村和羽衣受到當(dāng)時(shí)幸存者的求助，站出來封印了自己的母親，給了舊有力量存在下去的機(jī)會，也帶來了忍者崛起的時(shí)代。然而世界不會就此屈服，而是不斷抗?fàn)帲?p>　　于是新的傳說開始了.............