不做人的小剪刀(相關(guān)技術(shù)背景科普,大白話版)
眾所周知,DNA是一種遺傳物質(zhì)。它由四種較為簡(jiǎn)單的脫氧核糖核苷酸分子組成,每個(gè)分子上都攜帶著名為堿基的標(biāo)簽,所以我們就干脆用這四種標(biāo)簽來(lái)指代這四種分子,分別為腺嘌呤A、鳥(niǎo)嘌呤G、胞嘧啶C、胸腺嘧啶T。
這四種核苷酸分子首尾相連形成了超長(zhǎng)鏈條,就像一個(gè)個(gè)金屬圈嵌套形成的長(zhǎng)鐵鏈,使得DNA分子呈現(xiàn)出細(xì)長(zhǎng)的纖維形態(tài)。
DNA根據(jù)堿基互補(bǔ)原則,由兩條單鏈螺旋纏繞組成。由于堿基之間的氫鍵具有固定的數(shù)目和DNA兩條鏈之間的距離保持不變,使得堿基配對(duì)必須遵循一定的規(guī)律:A一定與T配對(duì),G一定與C配對(duì)。這就是堿基互補(bǔ)原則。
這些緊密排列的堿基,用極其晦澀難懂的語(yǔ)言記錄著生命的藍(lán)圖。在每一次生命的繁衍過(guò)程中,兩條DNA長(zhǎng)鏈都會(huì)解離螺旋構(gòu)型各自為營(yíng),遺傳信息就是這樣代代相傳、永不湮滅的。
這些由氫、氧、碳、氮、磷等最簡(jiǎn)單的元素組成的平淡無(wú)奇的化學(xué)物質(zhì),在億萬(wàn)年間,始終流淌的地球生命河道里。它們就像世代珍藏的族譜,將先輩們的特征和記憶代代流傳,成就了子子孫孫與生俱來(lái)的驕傲和榮光。
早在百年前,孟德?tīng)枴8ダ?、赫爾?蔡斯等偉大的科學(xué)家們,就已經(jīng)證明了DNA是遺傳物質(zhì),是生命繁衍生息的關(guān)鍵。但人類作為一種高級(jí)生命,對(duì)DNA的探索,并不會(huì)止步于此。
70年前,弗朗西斯·克里克提出了遺傳物質(zhì)決定生物性狀的過(guò)程——中心法則。
“中心法則”的核心內(nèi)容是:DNA通過(guò)轉(zhuǎn)錄和翻譯兩個(gè)步驟來(lái)指導(dǎo)蛋白質(zhì)的生產(chǎn),進(jìn)而決定了我們長(zhǎng)得多高、單眼皮還是雙眼皮、擅長(zhǎng)音樂(lè)還是運(yùn)動(dòng)。
其中,轉(zhuǎn)錄指依據(jù)DNA雙鏈中的一條鏈,依據(jù)堿基互補(bǔ)配對(duì)原則,生產(chǎn)出信使RNA。而翻譯指將信使RNA中的堿基排列解碼,每三個(gè)堿基對(duì)應(yīng)一個(gè)氨基酸。多個(gè)氨基酸脫水縮合形成肽鏈,肽鏈又折疊成為蛋白質(zhì)。
于是,形形色色的DNA便決定了形形色色的物種和形形色色的人。作為世界上最復(fù)雜的生命,人類繁衍進(jìn)化了幾十億年。
而這些由10的23次個(gè)原子組成、以納米為空間尺度、以微米為空間尺度在三維時(shí)空中運(yùn)動(dòng)和發(fā)展的物體的全部秘密,都線性地儲(chǔ)藏在區(qū)區(qū)30億個(gè)堿基對(duì)組成DNA中。
可以說(shuō),DNA是世界上信息密度最高的物質(zhì)。在不到1微克的重量中,濃縮了一個(gè)生命的過(guò)去、現(xiàn)在和將來(lái)。
對(duì)于渴望理解生命奧義的的我們而言,DNA就像建筑師的藍(lán)圖,提供了解析和探索生命的指南。
在過(guò)去的幾十年間,遺傳學(xué)手段幫助我們理解了許多人類基因的功能。當(dāng)我們發(fā)現(xiàn)某個(gè)疾病患者體內(nèi)存在某個(gè)基因的功能缺失,便自然而然地將這個(gè)基因與他的疾病聯(lián)系在一起。比如白化病、血友病,甚至更為復(fù)雜的某些癌癥和代謝疾病,都可以用如此簡(jiǎn)單的手段加以研究。
緊接著,我們馬上也可以想象,如果有一天我們能夠改造基因,就能消滅某些頑疾,甚至是增強(qiáng)某些機(jī)能。
于是我們真的這么做了。
在過(guò)去的50年間,多種基因編輯相繼誕生,讓我們真正成為了生命的設(shè)計(jì)師,能夠修改生命的藍(lán)圖,從而治愈某些疾病。
首先,要從CRISPR技術(shù)說(shuō)起,因?yàn)檫@一個(gè),最為有趣,也最為傳奇。
早年間,一些科學(xué)家在研究大腸桿菌的時(shí)候,偶然間發(fā)現(xiàn)它的基因組DNA上有一些看起來(lái)怪里怪氣的重復(fù)結(jié)構(gòu):有一段29堿基的序列反復(fù)出現(xiàn)了5次,兩兩之間都被32個(gè)堿基形成的看起來(lái)雜亂無(wú)章的序列隔開(kāi)了。
大家都知道,DNA作為遺傳物質(zhì),它的功能就是通過(guò)“中心法則”生產(chǎn)蛋白質(zhì)。要么直接生產(chǎn),要么輔助生產(chǎn),而這種串聯(lián)起來(lái)的重復(fù)結(jié)構(gòu)看上去兩者都挨不上邊。
幾年后,科學(xué)家弗朗西斯科?莫西卡在另一種細(xì)菌——地中海嗜鹽菌里又一次發(fā)現(xiàn)了這種古怪的重復(fù)序列。大腸桿菌和地中海嗜鹽菌,從生活環(huán)境到進(jìn)化歷史都毫無(wú)相似之處可言,這讓他十分疑惑。
于是他在海量的微生物中繼續(xù)尋找,竟然在20種不同微生物中都發(fā)現(xiàn)了類似的重復(fù)DNA結(jié)構(gòu),把它們命名為CRISPR。
顯然,CRISPR不可能是偶然現(xiàn)象,它一定是有著非常重要乃至性命攸關(guān)的生物功能。因?yàn)樽匀贿x擇不允許這么多毫不相干的物種,同時(shí)保留一段相同的廢物DNA。
經(jīng)過(guò)漫長(zhǎng)的研究,他終于發(fā)現(xiàn),這些DNA序列不止存在于細(xì)菌中,而是和許多病毒的基因組序列高度一致。是細(xì)菌在基因組里收藏了這些病毒不同角度的快照。
這些攜帶著某種病毒信息的CRISPR序列具有病毒疫苗的功能,可以讓細(xì)菌免于被這種病毒入侵。如果把這種CRISPR轉(zhuǎn)移到另一種細(xì)菌中,也同樣能讓新的細(xì)菌具有免疫力。
和人類的免疫功能類似。細(xì)菌會(huì)把細(xì)胞內(nèi)存在的所有DNA都一一抓來(lái)和CRISPR序列仔細(xì)比對(duì),一旦發(fā)現(xiàn)兩者完全一致,就意味著病毒在細(xì)胞內(nèi)出現(xiàn)了,于是立刻啟動(dòng)防御機(jī)制。
CRISPR就是細(xì)菌的記賬本,每一次遭到病毒入侵,就會(huì)把這個(gè)病毒的特征記到本本上,用于秋后算賬。當(dāng)那個(gè)不知好歹的東西再一次現(xiàn)身時(shí),便以最快地速度,重拳出擊。
具體來(lái)說(shuō),CRISPR序列會(huì)被首先轉(zhuǎn)錄成RNA分子,稱為向?qū)NA。這個(gè)向?qū)NA會(huì)和細(xì)胞內(nèi)的某種名為Cas的蛋白質(zhì)結(jié)合,形成一種核糖核蛋白復(fù)合物,簡(jiǎn)稱為RNP。RNP會(huì)像哨兵一樣在細(xì)胞里勤勤懇懇地終日巡邏。
而這位哨兵尋找的對(duì)象,就是任何一段能夠和向?qū)昝琅鋵?duì)的DNA分子。一旦兩者相遇,哨兵就會(huì)啟動(dòng)cas蛋白的切割功能,將這段DNA切成一個(gè)個(gè)小的片段,成功地把敵人給碎尸萬(wàn)段了。
這時(shí),可能有人要問(wèn)了,細(xì)菌里的CRISPR和人類的基因編輯有什么關(guān)系呢?
那些可憐的遺傳病患者,他們的DNA與正常DNA通常只有幾個(gè)或幾十個(gè)堿基不一樣,要想修正他們的基因組,就要精確地定位到不一樣的地方。否則,只放一些小剪刀進(jìn)去對(duì)著DNA長(zhǎng)鏈亂剪亂切,這人肯定就活不了了。
所以,如何生產(chǎn)一個(gè)GPS,讓剪刀找到正確的目標(biāo)再剪,是一個(gè)重要的技術(shù)難題。
而細(xì)菌CRISPR系統(tǒng)里的向?qū)NA就是這個(gè)難題的答案。
如果我們能夠在體外合成特定的向?qū)NA,并讓它能夠特異性識(shí)別某些DNA片段,問(wèn)題不久迎刃而解了嗎?
于是,CRISPR技術(shù)便應(yīng)運(yùn)誕生了。經(jīng)過(guò)一眾科學(xué)家十余年的努力,我們可以任意地合成向?qū)NA和Cas蛋白,由它們倆組成的人工RNP可以通過(guò)多種方式被導(dǎo)入細(xì)胞,被向?qū)?RNA帶到正確的地方,再下剪子。
但是,可能有人要問(wèn)了,如果這把帶GPS的剪子如此好用,我們現(xiàn)在又為什么依然要受到那些基因缺陷疾病的困擾?為什么沒(méi)有人造生物?為什么沒(méi)有實(shí)現(xiàn)基因飛升?
這時(shí)因?yàn)椋@些可愛(ài)的小剪子,有著一些致命的缺陷。
首先,由于各方面的限制,向?qū)NA不能太長(zhǎng),通常也就是20來(lái)個(gè)堿基對(duì)的長(zhǎng)度。要知道,人類DNA上可是有30億堿基對(duì),區(qū)區(qū)長(zhǎng)度為20的堿基片段,可能在DNA長(zhǎng)鏈中隨處可見(jiàn)。
所以這些可愛(ài)的小剪刀在發(fā)揮作用時(shí),也可能也同時(shí)剪到其它奇奇怪怪的地方,造成各種亂七八糟的突變,導(dǎo)致細(xì)胞死亡。
其次,小剪刀在發(fā)揮作用時(shí),需要目標(biāo)基因的上游存在一個(gè)特定的短的堿基序列,我們稱之為PAM序列。如果實(shí)際操作中,目標(biāo)基因上游到處都沒(méi)有PAM序列,那么即使小剪刀找到了正確位置,也無(wú)法咔嚓一刀剪下去。
最后,小剪刀也是有脾氣的。有時(shí),它的GPS沒(méi)有找到完全匹配的DNA片段,但小剪刀就是想剪。于是它便會(huì)隨便找一段類似的DNA片段,咔嚓一下剪下去。然后轉(zhuǎn)身就走,深藏功與名。
以上三種情況,在專業(yè)術(shù)語(yǔ)里,叫做“脫靶”。
小剪刀很好用,但奈何小剪刀經(jīng)常不做人。因此,這項(xiàng)技術(shù)的實(shí)際效果,目前來(lái)說(shuō)并不理想。