第十六章 GCCGCCAGTTCC

　　傍晚，他被接二連三的電話吵醒。三家測序公司全都散發(fā)著大號拖延癥的氣質(zhì)，像是約好了一樣，在承諾時效的前一天晚上才和他溝通。

　　溝通的內(nèi)容無非就是懷疑樣本被污染了，所以提前聲明不對測序結(jié)果的解讀負(fù)責(zé)。

　　盧赫見怪不怪地一頓“嗯嗯啊啊好好好”迅速把他們都給打發(fā)了，隨后郵箱被測序報告塞滿。

　　他從床上爬起來，穿戴整齊，甚至用梳子蘸水梳了頭發(fā)。

　　隨后他鄭重地走下樓，走進(jìn)細(xì)胞間，一屁股坐在電腦前，伸手去手撈椅背，把正在忙碌的菜菜一把拽了過來。

　　“歇會兒歇會兒，陪我吃瓜?！?p>　　這次他們率先打開了基因組原始數(shù)據(jù)。基準(zhǔn)30億個堿基對，有效分析了30億個堿基對。GC含量57%。

　　怎么還是這么高？

　　兩人的腦袋湊在一起，緊盯著屏幕上緩緩滑過的密密麻麻的字符。這次依然是滿屏的紅和綠，但紅多綠少。

　　“停！”菜菜指著剛掠過的一段字符驚呼，“你看這段，GCCGCCAGTTCC，這不是終止子嗎？”

　　盧赫定睛一看，“是啊，這是轉(zhuǎn)錄終止修飾點，而且是依賴Rho因子[1]的的轉(zhuǎn)錄終止。”

　　“終止，好多終止，全是終止！”菜菜又一次驚呼，“停！這段，GC區(qū)[2]下游怎么沒有TATA區(qū)[3]啊。我只知道組蛋白可以沒有GC區(qū)，這沒有TATA區(qū)的是什么鬼??？”

　　鼠標(biāo)繼續(xù)翻動，兩人逐漸陷入沉默。

　　許久之后，盧赫打破了這死寂的氣氛，但從他嘴里說出的并不是菜菜所期待的正經(jīng)話。

　　“真是離譜他媽給離譜開門，離譜到家了?！彼吀锌咟c開了剛剛下載好的線粒體基因，在軟件加載期間合了好幾下眼。

　　軟件加載完成，線粒體基因沒有太多注釋，可翻了幾下后，兩人還是猶如半截木頭般僵在那里。從地下室天窗投射出的一縷橙紅色的陽光，緩緩從盧赫的臉上掠過，他連眼睛都沒眨一下。

　　漸漸的，天色完全暗下來，電腦屏幕上反射出天花板上白熾燈管的輪廓，正好遮擋住屏幕的正中央。

　　“GGAGGGCGAGGCTCCGTCCTAGCCTTG。。?！北R赫偏了偏頭，默念著其中的一段堿基序列，重啟電腦進(jìn)了Linux，然后在命令行下快速敲擊。

　　一頓操作下來，他揉著脖子對著黑色背景下一格一格往前爬的亮白色進(jìn)度條沉思。一旁的菜菜瞇著眼睛念出命令行中的小字：“CRISPR。。。Cas。。。Finder？你不會真以為他會有CRISPR系統(tǒng)吧？這太荒誕了。”

　　盧赫揉亂了自己的頭發(fā)，“葫蘆上藤上結(jié)南瓜。咱們搞研究的，總得有點兒想象力吧?！?p>　　不一會兒，軟件裝好了。他在命令行敲出一大行命令：perl CRISPRCasFinder.pl -in Stupid_Turtle.fna -out Stupid_Turtle_crispr_cas -def General -cas -ccvr -ccc -gscf -keep -html -cpuM 32 -cpuP 32 -xr 555 -md 50 -t 50

　　按下回車鍵后，藏在桌子背面的大機(jī)箱嗡嗡地運轉(zhuǎn)了起來。

　　“法國人搞出來的開源軟件，能預(yù)測CRISPR序列和Cas的位置。他究竟是不是大細(xì)菌，是什么樣的大細(xì)菌，等會兒一目了然?！?p>　　他說完戳了戳還在發(fā)愣的菜菜，“喂，怎么還僵著呢。你對新事物的接受能力完全不行啊?？磥砝洗粼谶@兒干體力活也不行，回頭你每周給我做兩次文獻(xiàn)匯報吧。記得看最新的，保準(zhǔn)跟科幻小說一樣給你看得一愣一愣的。”

　　進(jìn)度條一點一點往前走，即將100%。菜菜目不轉(zhuǎn)睛神色緊張，好像那些閃爍跳躍的格子是追在她身后的怪物，“你別說話了，我緊張，萬一他是外星人怎么辦？”

　　“哈哈?！北R赫笑出聲來，“你可真是太保守了，你應(yīng)該這樣想：萬一他不是人怎么辦？你之前不是說他是大細(xì)菌嗎？”

　　正說著，軟件運行完畢，一個本地網(wǎng)頁自動彈了出來。

　　Confirmed CRISPRs： 31

　　ID: 01

　　CRISPR start position: 260130 ---------- CRISPR end position: 260390 ---------- CRISPR length: 260

　　DR consensus: GGAGGGCGAGGCTCCGTCCGGGCCGGAT

　　DR length: 28 Number of spacers: 3

　　ID: 02

　　......

　　盧赫稍加瀏覽，連連贊嘆，“嘖嘖嘖，31個，還不少呢?！?p>　　身邊的菜菜突然起身，摘掉手套，從-20冰箱里掏出一個帶冰渣的飯團(tuán)，扔到了微波爐里。一分鐘后，細(xì)胞間里漸漸彌漫著蛋黃醬的香氣。

　　她打開微波爐，拿出熱好的飯團(tuán)一屁股坐回電腦前，從抽屜里抽出一張紙，包著飯團(tuán)，旁若無人地徑直往嘴邊送。

　　盧赫在一旁驚地說不出話來。

　　吃下一大口后，菜菜嘴角帶著飯粒含糊不清地說：“我腦子轉(zhuǎn)不動，我餓了，我缺葡萄糖，我心沒你大，我接受不了?！?p>　　盧赫看著面前腮幫鼓鼓囊囊的小倉鼠，不忍責(zé)怪。但他也沒輕易放過她，而是懷著惡趣味幽幽開口：“你知道線粒體夏娃嗎？”

　　對方連連搖頭，“我只知道Y染色體亞當(dāng)?！?p>　　“差不多是一個意思。在人類精卵細(xì)胞融合時，只有卵細(xì)胞中的線粒體被保留，因此線粒體基因是母系遺傳。線粒體夏娃在進(jìn)化學(xué)中被認(rèn)為是人類的共同母系祖先，即現(xiàn)在所有人的線粒體基因都來自于她的線粒體。”

　　“假設(shè)，初始種群中有100個女性，或者說是有100個不同的線粒體基因組并且種群數(shù)量保持恒定。如果它們在功能上沒有差別，不造成其它的自然選擇壓力，那么理論上在200代之后，最初100個不同線粒體中只有一個就會擴(kuò)散到整個種群中，其余的全部丟失。這個獨一無二的線粒體的主人，就是線粒體夏娃?！?p>　　“線粒體基因是十分穩(wěn)定的，每隔600代才能產(chǎn)生具有種群意義的突變。目前，不同種族之間線粒體基因組的差異僅為0.32%。通過追溯不同人種線粒體DNA突變前的原型，線粒體夏娃被鎖定為20萬年前的非洲人。”

　　盧赫說完，靜靜期待著菜菜的反應(yīng)?？蓪Ψ街皇遣灰詾槿坏乜辛艘豢陲垐F(tuán)，“所以呢？你是想說不論我膚色多白手氣多好，都跟你一樣是非洲人？”

　　“你個死腦筋啊?！北R赫點了點自己的太陽穴，“想想，用這兒想想。人類的線粒體都遺傳自同一位祖先，海晝天的和普通人的不一樣，這意味著什么？”

　　“意味著他不是非洲人？他在20萬年前就和咱們不是一個物種了！”菜菜恍然大悟道。

　　盧赫欣慰地點了點頭，“還有，你知道線粒體是怎樣誕生的嗎？”

　　“你不會是想提內(nèi)共生假說吧？”菜菜停止了咀嚼，用紙巾抹掉了嘴角的蛋黃醬。

　　“沒錯，你終于上道了。具有氧化磷酸化功能的古細(xì)菌，被早期的真核細(xì)胞吞噬后，二者形成共生關(guān)系。古細(xì)菌被困在真核細(xì)胞內(nèi)，逐漸演化成為了線粒體。”

　　盧赫又點了點自己的太陽穴，“你品，你細(xì)品，是不是細(xì)思恐極，還吃得下去嗎？”

　　菜菜放下了吃得只剩一口的飯團(tuán)，取下頭套，揉亂了自己的頭發(fā)，“我頭癢，我可能要長腦子了。你的意思難道是，早在15億年前，海晝天就和我們不是一個祖先了，他的祖先吞噬了已演化出CRISPR功能的大細(xì)菌，并且把這個功能保留了下來？”

　　盧赫點了點頭，“孺子可教也。但這只是其中一種可能，另外一種可能是：他被編輯過?！?p>　　-------------------------------------

　　[1]依賴Rho因子的的轉(zhuǎn)錄終止：Rho因子是一種大分子蛋白，可結(jié)合在新生的RNA鏈上，借助水解ATP獲得能量推動自身沿著RNA鏈移動，但移動速度比RNA聚合酶慢。當(dāng)RNA聚合酶遇到終止子時便發(fā)生暫停，Rho因子得以趕上酶。Rho因子與RNA聚合酶相互作用，使RNA、RNA聚合酶與自身一起從DNA上釋放下來，以防占著茅坑不拉屎。

　　[2]GC區(qū)：控制轉(zhuǎn)錄起始的頻率，基本不參與轉(zhuǎn)錄起始位點的確定。

　　[3]TATA區(qū)：確定轉(zhuǎn)錄起始位點，使轉(zhuǎn)錄能夠精準(zhǔn)地開始與結(jié)束。