在第三次忍界大戰(zhàn)徹底爆發(fā)后，長(zhǎng)期活躍在戰(zhàn)爭(zhēng)前線的神原真司，修煉時(shí)間大幅減少。
導(dǎo)致沸遁的開發(fā)也用了一年半的時(shí)間才完成，塵遁的開發(fā)更是遙遙無期，沒有絲毫進(jìn)展，被他無限期擱置了。
不過相對(duì)應(yīng)的是，神原真司因?yàn)閼?zhàn)功而早卡卡西一年被村子破格提拔成為了上忍，一個(gè)僅十歲就名噪一時(shí)的天才上忍。
這幾年里，在砂隱戰(zhàn)場(chǎng)上，神原真司直面了同為灼遁血繼忍者的葉倉，第一次在人前使出了他所擁有的第二種血繼限界，炎遁。
與葉倉平分秋色的一戰(zhàn)，加深了神原真司對(duì)灼遁的領(lǐng)悟，讓他的實(shí)力更進(jìn)一步，更讓他有了炎灼使的名號(hào)。
在云隱戰(zhàn)場(chǎng)上，神原真司旁觀了金色閃光對(duì)戰(zhàn)云隱AB組合之戰(zhàn)，第一次近距離目睹了忍界巔峰忍者之間的戰(zhàn)斗，讓他對(duì)于飛雷神之術(shù)這個(gè)時(shí)空間忍術(shù)更加渴望了。
除此以外，為報(bào)卯月真咲手臂被廢之仇，神原真司還主動(dòng)挑上了云隱磁遁忍者特洛伊，在戰(zhàn)場(chǎng)上將其一舉擊殺。
將碰觸到的東西磁化，再通過磁化物品的接觸將磁性轉(zhuǎn)移到敵人身上，讓敵人身體磁化，再借由磁性攻擊敵人，使敵人無法躲避的磁遁·磁化之術(shù)，根本奈何不了神原真司。
必中的方片手里劍也就只能對(duì)付一下普通忍者了，對(duì)已經(jīng)開發(fā)出磁遁的神原真司來說，特洛伊使用的所有攻擊都是徒勞的。
特洛伊運(yùn)用磁遁的方式太過拉胯，無論是砂鐵，砂金，還是砂子，都遠(yuǎn)勝他所謂的磁化手里劍。
四大自然力之一的磁力的真正威力可不止這一點(diǎn)，只可惜神原真司自身文化程度和知識(shí)儲(chǔ)備不夠，無法深入運(yùn)用磁力。
不過即便如此，只要神原真司肯花費(fèi)一定的時(shí)間去開發(fā)自身的磁遁，未來就可以在磁遁上輕松強(qiáng)過忍界其他磁遁忍者。
單身出陣的神原真司，炎遁與灼遁并用，輕松的完成了一場(chǎng)碾壓式的戰(zhàn)斗，特洛伊四人小隊(duì)更是被他全數(shù)擊殺，這一戰(zhàn)后，他便被村子破格提拔為了上忍。
隨即而來的是神原真司在黑市懸賞金的提高，一個(gè)還沒完全成長(zhǎng)起來的少年天才，在黑市的懸賞是高過他本身的身價(jià)的。
之后神原真司更是與波風(fēng)水門、秋道丁座，以及原小隊(duì)隊(duì)長(zhǎng)油女志微一起，頻繁的執(zhí)行A級(jí)和S級(jí)的任務(wù)。
期間神原真司參與了封印了樓蘭古國(guó)的龍脈封印，但過程中卻沒有遇到時(shí)空來客，水門父子也沒有相遇，這一點(diǎn)他能確認(rèn)，因?yàn)樗潞蟛榭催^記憶沒有被封印的情況。
在草之國(guó)的對(duì)巖隱戰(zhàn)場(chǎng)上，與波風(fēng)水門一起前去支援木葉前線防御部隊(duì)的神原真司，第二次遇到了爆遁狩。
今非昔比的神原真司輕易結(jié)果了曾經(jīng)叫囂要結(jié)果他，卻被他廢了左臂的爆遁狩，還消滅掉了爆遁狩率領(lǐng)的一整支巖隱爆破小隊(duì)，及時(shí)為僅剩四人的木葉前線防御部隊(duì)解了圍。
神無毗橋之戰(zhàn)后，接到野原琳求援的神原真司，還從巖隱精銳部隊(duì)的包圍中，救下了留下斷后，拖延時(shí)間的卡卡西和邁特凱兩人。
也就是在這一戰(zhàn)中，卡卡西以千鳥切斷了巖隱忍者發(fā)動(dòng)的大范圍攻擊術(shù)式所制造出來的雷電，讓千鳥有了雷切之名，在這之后沒多久，木葉與巖隱的戰(zhàn)爭(zhēng)便徹底結(jié)束了。
木葉歷四十六年，由于金色閃光波風(fēng)水門在前線的突出表現(xiàn)，以大野木為首的巖隱高層抽調(diào)千名忍者，穿過草忍者村對(duì)木葉進(jìn)行突襲計(jì)劃遭到遏制。
在神無毗橋一戰(zhàn)失利，補(bǔ)給線被以金色閃光波風(fēng)水門為首的小隊(duì)切斷后，面對(duì)砂隱介入的巖隱，只好選擇了和木葉和平談判，結(jié)束戰(zhàn)爭(zhēng)。
當(dāng)然這里面也有猿飛日斬認(rèn)下了承認(rèn)巖隱活動(dòng)，放棄戰(zhàn)后索賠權(quán)力的合約的原因。
也正因?yàn)榇?，為了?duì)在戰(zhàn)爭(zhēng)中犧牲的木葉忍者負(fù)責(zé)，同時(shí)迫于木葉高層志村團(tuán)藏的壓力，全面承擔(dān)責(zé)任的猿飛日斬才主動(dòng)退位，辭去了三代目火影的職位。
不肯輕易放手大權(quán)的猿飛日斬，在與大名的會(huì)議上，直言自己的得意弟子大蛇丸眼中藏有惡意和野心，拒絕了讓大蛇丸擔(dān)任火影，隨后提名徒孫波風(fēng)水門接任他的位置，提名也順利的通過了。
得知消息的大蛇丸，與志村團(tuán)藏一致認(rèn)為猿飛日斬此舉是把波風(fēng)水門當(dāng)做傀儡，師徒一同掌控木葉。
從結(jié)果上來看，猿飛日斬在退位后依舊把持著極大的權(quán)力，暗部沒有移交給波風(fēng)水門，而是讓水門自行組建直屬暗部。
政務(wù)方面就更不用說了，以波風(fēng)水門經(jīng)驗(yàn)不足需要指導(dǎo)為由，從卸任到九尾之亂，猿飛日斬一直都沒有放手政務(wù)。
當(dāng)然這些政治上的事情和神原真司沒什么關(guān)系，戰(zhàn)爭(zhēng)結(jié)束給他也帶來了不少的好處，除了修行時(shí)間的變多之外，也方便了他學(xué)習(xí)村子所擁有的高級(jí)忍術(shù)，乃至部分禁術(shù)。
在木葉，完成高級(jí)別的任務(wù)是可以申請(qǐng)學(xué)習(xí)新的忍術(shù)的，去執(zhí)行有些特別危險(xiǎn)的任務(wù)時(shí)，村子還會(huì)提前將忍術(shù)預(yù)支。
猿飛日斬在位時(shí)，神原真司很少用功績(jī)來換取新的忍術(shù)，只換了幾種B級(jí)的五遁術(shù)，大部分功績(jī)都積攢了下來。
一來他是為了積攢更多功績(jī)換取更高級(jí)的忍術(shù)，二來是他認(rèn)為不是提出學(xué)習(xí)如飛雷神這種禁術(shù)的時(shí)候，因?yàn)樵筹w日斬不一定會(huì)同意，而且如果因此暴露了野心就不值當(dāng)了。
四代目波風(fēng)水門剛繼任沒幾天，神原真司便前往火影辦公室，提出了將自己積累的戰(zhàn)功和以前沒有兌換的任務(wù)獎(jiǎng)勵(lì)全部?jī)稉Q掉的請(qǐng)求，并指明了想要學(xué)習(xí)的忍術(shù)。
剛繼任沒幾天的波風(fēng)水門，很爽快的答應(yīng)了神原真司的請(qǐng)求，同意讓他閱覽所提出想要學(xué)習(xí)的所有忍術(shù)，并且還答應(yīng)了可以指導(dǎo)他學(xué)習(xí)飛雷神之術(shù)。
不過波風(fēng)水門也對(duì)他提出了一個(gè)要求，即希望神原真司能加入他所新組建的直屬于他的暗部當(dāng)中，擔(dān)任隊(duì)長(zhǎng)之職，管理他所組建的幾支暗部小分隊(duì)，當(dāng)然這其中不包括負(fù)責(zé)護(hù)衛(wèi)火影的影衛(wèi)隊(duì)。