黃海海戰(zhàn)失利后，清廷估計到日軍將乘勝入侵遼東半島，諭令李鴻章速謀戰(zhàn)守。李鴻章根據(jù)“各國探報，倭人將以大股圖犯北京，又云謀襲沈陽”的情勢，提出了“惟有嚴(yán)防渤海以固京畿之藩籬，力保沈陽以顧東省之根本;然后厚集兵力，再圖大舉，以為規(guī)復(fù)朝鮮之地”的戰(zhàn)略方針。清廷集中兵力加強(qiáng)對遼東地區(qū)的防御，任命四川提督宋慶為幫辦北洋軍務(wù)兼前敵各軍總統(tǒng)；迅速募軍30營；將集結(jié)于九連城附近鴨綠江右岸的 81余營5哨，包括銘軍、毅軍、盛軍、奉軍及靖邊軍、蘆榆防軍、仁字虎勇、盛字練軍及吉字練軍、齊字練軍、鎮(zhèn)邊軍等計3.04萬清軍，分左右兩翼防線，形成東起蘇甸及長甸河口，西迄大東溝、大孤山，綿亙數(shù)十里的鴨綠江防線；清政府在以重兵屯駐鴨綠江防線的同時，又陸續(xù)從各地抽調(diào)兵力，以充實(shí)山海關(guān)至奉天、營口一帶第二線的防務(wù)。
鴨綠江江防之戰(zhàn)開始于10月24日，是清軍面對日軍攻擊的首次保衛(wèi)戰(zhàn)。部署在鴨綠江北岸的清軍共約28000人。清朝任命宋慶為諸軍總統(tǒng)，節(jié)制各軍。日軍進(jìn)攻部隊(duì)為山縣有朋大將統(tǒng)率的第一軍，包括桂太郎中將的第三師團(tuán)和野津道貫中將的第五師團(tuán)，共30000人。宋慶雖負(fù)節(jié)制諸軍之名，各路清軍實(shí)則不服調(diào)度，而且平壤新敗，士氣不振，將領(lǐng)多無抗敵決心。日軍則士氣高昂，野心勃勃，日方發(fā)布由間諜宗方小太郎起草的《開誠忠告十八省之豪杰》檄文，對滿清展開政治攻勢，揚(yáng)言要直搗北京，讓清朝皇帝“面縛乞降”。
日軍先于九連城上游的安平河口泅水過江成功。當(dāng)夜，日軍在虎山附近的鴨綠江中流架起浮橋，清軍未覺察。10月25日晨6時，日軍越過浮橋，向虎山清軍陣地發(fā)起進(jìn)攻。清軍守將馬金敘、聶士成率部堅持抵抗，因勢單力孤，傷亡重大，被迫撤出陣地。萬云龍在此戰(zhàn)中肩部中彈，仍堅持戰(zhàn)斗，接到撤退任務(wù)后才被迫轉(zhuǎn)到后方接受救治。在運(yùn)送傷員的擔(dān)架上萬云龍心中不斷回想著剛才目睹的可怕一幕，這一幕并不是子彈射中自己肩膀的場景，而是在戰(zhàn)場的迷霧中似乎看到了那個熟悉的身影。經(jīng)此一戰(zhàn)，日軍遂占領(lǐng)虎山。其他清軍各部聞虎山失陷，不戰(zhàn)而逃。26日，日軍不費(fèi)一槍一彈占領(lǐng)了九連城和安東縣（今丹東）。清朝重兵近三萬駐守的鴨綠江防線全線崩潰。
1894年10月下旬，在日軍越過鴨綠江防線，占領(lǐng)九連城、安東縣、大東溝、鳳凰城、寬甸、岫巖的情況下，宋慶奉詔率所部毅軍及銘軍回援旅順，留依克唐阿鎮(zhèn)邊軍駐守賽馬集、草河城一帶。由直隸提督聶士成率蘆榆防軍、盛軍、奉軍及仁宇虎勇等部守衛(wèi)摩天嶺，阻擊日軍。聶士成、依克唐阿兩軍還在通遠(yuǎn)堡集合 20營兵力，擬分兩路反攻鳳凰城。一路由依克唐阿等率領(lǐng)，由通遠(yuǎn)堡南；另一路由壽山統(tǒng)領(lǐng)鎮(zhèn)邊軍步隊(duì)、永山統(tǒng)領(lǐng)馬隊(duì)，繞道叆陽邊門進(jìn)攻鳳凰城東北。
在鴨綠江江防之戰(zhàn)開始的同時，金旅之戰(zhàn)也展開了。這是甲午戰(zhàn)爭期間中日雙方的關(guān)鍵一戰(zhàn)。日本第一軍進(jìn)攻鴨綠江清軍防線的同一天，大山巖大將指揮的第二軍兩萬五千人在日艦掩護(hù)下，開始在旅順后路上的花園口登陸。由于李鴻章一心要保旅順港，清軍便沒有在此處設(shè)防。日軍的登陸活動歷時十二天，清軍竟坐視不問，只有當(dāng)?shù)氐霓r(nóng)民自發(fā)抗擊日軍，暫時拖住了日軍的行動。。11月6日，日軍擊潰清軍連順、徐邦道等部，進(jìn)占金州（今遼寧大連市金州區(qū)）。7日，日軍分三路向大連灣進(jìn)攻，大連守將趙懷業(yè)聞風(fēng)潰逃，日軍不戰(zhàn)而得大連灣。日軍在大連灣休整十天后，開始向旅順進(jìn)逼。旅順地區(qū)清軍有七統(tǒng)領(lǐng)，道員龔照玙為前敵營務(wù)處總辦，有“隱帥”之稱，共轄33個營，約13000人。14日，日軍曾通過清軍俘虜向旅順駐軍送去兩封勸降信，遭到嚴(yán)辭拒絕。18日，日軍前鋒進(jìn)軍土城子，徐邦道的拱衛(wèi)軍頑強(qiáng)抗擊，次日，龔照玙置諸軍于不顧，乘魚雷艇逃往煙臺。19日，黃仕林、趙懷業(yè)、衛(wèi)汝成三統(tǒng)領(lǐng)先后潛逃。1894年11月21日，日軍向旅順口發(fā)起總攻，次日，旅順陷于日軍手中。日軍攻陷旅順后，即制造了旅順大屠殺慘案，4天之內(nèi)連續(xù)屠殺手無寸鐵的旅順居民，死難者估計達(dá)2萬余人。萬云龍在養(yǎng)傷院聽聞噩耗悲痛欲絕，握拳發(fā)誓定要讓日軍血債血償。